“水师”一词最早是对掌管水上武装的称谓，清代水师主要隶属国家经制军队系统，分为内河和外洋。在福州船政成立的第二年，船政大臣沈葆桢整理水师，设立了名为船政水师营的部队。面对中国海疆防御布局等问题，当时的直隶总督曾国藩和江苏巡抚丁日昌忧心忡忡，找沈葆桢共同商定。曾国藩奏请朝廷，建议以江南制造局和船政造的蒸汽军舰为基础，在两处分别组建舰艇部队。对此清廷表示同意，并任命李成谋兼任船政的轮船统领，吴大廷任江南制造局轮船统领。在机构性质上，船政的轮船部队和江南轮船部队均属于地方组建部队，不具备国家经制编制，因此与福建水师有着本质区别。

船政水师作为一支新兴部队，明法度，立章程是最为重要的。当时沈葆桢正直奔丧归家，船政事务只好由夏献纶负责，因而设立章程的重任也落在他身上，而从现存的《轮船出洋训练章程》、《轮船营规》两部规章制度上，可看出夏献纶及“万年清”管带(小知识)贝锦泉的心血和付出。这两部章程涉及舰船和官职人员、全国水师部署、船政水师制度等方面。这标志着船政管辖下的名为“轮船”的蒸汽军舰部队成立。船政水师其性质不属于经制国家武装，故没有实缺的军官编制名额，由船政衙门直接领导，首长为轮船统领，统率全军。为了不使权力集中，统领之下设分统管理多艘驻外军舰。船政水师设营务处负责参谋及后勤，统领、分统、营务处之下，各军舰均设有不同岗位。舰长称管驾官，其下分大副，分管航海和枪炮的二副和三副，管理舰上杂务的队长，管理轮机的正、副、三管轮。除了这些管理层，舰上的士官也分正副水手头目，正副炮手、舵工、管油、水汽表及号令手，兵员包括上等、二等、三等水手、洋枪队及升火。除了这些，随舰服务的还有木匠和医生等。全舰人员整体分为航海、轮机、枪炮三部分，每10人一棚进行编列，类似现代军队中班的规模。

舰上军规严格，纪律严明，具体有两点：其一不准在军舰内吸鸦片、赌博、酗酒，其二不准用军舰夹带私物。为严格执法，管驾官选拔若干士兵持武器昼夜轮流巡查。船政水师军舰的公费借鉴西方的报销制，后沈葆桢为节约经费，改为包干制，即按军舰规模定额发放，舰长自负盈亏。其中250马力军舰公费每月400两，150马力每月300两，80马力每月240两。训练方面，以各军舰而言，每次出海回港休整三天后，开始操练集训三天后再出海操练。关于枪炮训练，船政更是十分重视，每月前往外海，以荒岛进行实弹射击。为了使驻外军舰相互熟悉，船政水师设有会哨制度，不定期调集各地船政水师编队合操。每年春季会操，冬季则由船政大臣、福州将军、闽浙总督分批阅操，奖惩技艺。

实际上在左宗棠创设船政的时候就有全国水师部署的规划，准备将造成的蒸汽军舰分布到全国沿海各省。然而，清政府始终将船政视为地方部队，未加重视。直到1870年，闽浙总督英桂的奏折却让清廷重新思考船政的政治地位。这份奏折是关于申请将船政“湄云”号炮艇借调温州一带长期驻防巡逻，也许是之前船政“万年清”、“华福宝”号前往浙江剿匪，效果显著，所以英桂才提出申请。清廷批准，“湄云”号在1871年春天由吴世忠管带开抵浙江，首开船政水师驻防他省的先河。此后，总理衙门建议各省调拨船政军舰的薪饷经费，从各省每年解交中央的洋药厘金中提取。明确经费问题后，两广总督瑞麟和广东水师提督崔国彦申领“伏波”号驻粤，并承诺承担其驻粤期间官兵的薪饷费用。而在北洋沿海省份直隶、山东、奉天调拨船政军舰时却遭遇政治上的阻力，但山东巡抚丁宝桢坚决支持船政军舰驻防，在与直隶总督李鸿章几经交涉后，船政派“飞云”号成功进驻山东烟台，此事为北洋省份调拨船政军舰打开了缺口。1872年，船政军舰“湄云”号驻防牛庄，“镇海”号驻防天津。自此，中国沿海除上海外，全国均有船政水师驻泊，这意味着中国的海防已经进入了蒸汽军舰时代。由此可知，船政水师也已经超越江南轮船水师，真正成为中国海防和近代中国海军的脊梁。