从1866年创设船政至今，已有一个半世纪，这段历史不仅记录了船政的发展，同时也见证了中国近代化、工业化的进程。这段漫长的船政历史可以分为三个不同的发展阶段：第一阶段为草创先贤奠基东南的初创阶段；第二阶段是辛勤耕耘蓬勃发展阶段；第三阶段是民国后船政时代。

第一阶段是草创先贤奠基东南的初创阶段：左宗棠创设船政，选址福州马尾，沈葆桢任船政大臣，以及中法合作的五年计划期间的船政建设。五年大计是船政初创阶段，一切都需要从零开始。舰船建造、船政水师制度需要确立、船政教育需要扩大规模，这些都被写在1866年的船政章程总体规划中。在这五年中，船政面临了内忧外患的种种考验，终于在1873年的夏天迎来了收获的喜悦。中国船政完成在短时间内设厂、造船、教育的诸多创举，可谓成绩斐然。但在五年计划进行如火如荼时，始终伴随着曲折和忧患。正、副监督之争的内部矛盾持续影响船政五年发展，法国两位海军军官日意格和德克碑无法正常协作，而日军侵台又增加了船政的外在不稳定因素。在1874年日本侵台事件结束后，清廷意识到中国海防将面对崛起中的日本这一新的重要威胁。总理衙门大臣奕欣、北洋大臣李鸿章、总理船政大臣沈葆桢、前江苏巡抚丁日昌等都积极参与讨论。几乎一夜之间，中国海防目标作了重要调整，从之前制造近代化军舰的低层次需求，升级到获取能够克制日本海军的大威力舰船装备。在往后的四十年间，船政为了这个目标辛勤耕耘、蓬勃发展。

第二阶段是辛勤耕耘蓬勃发展阶段：这一阶段包括中法战争前后的督办大臣、署理大臣、兼管、兼充大臣时期，在舰船建造、船政水师、船政教育等方面都有所发展。1875至1884年督办大臣时期：五年计划之后，按照每年两艘军舰的定额指标，造了二型四艘木胁木壳舰。铁胁木壳舰虽然只与木胁木壳舰一字之差，但区别却很大。铁胁木壳舰的龙骨、横梁、隔板都为金属，而要将木皮钉入铁骨，其中的铁钉连接捻缝工艺便是最大的技术难点。然而在法员舒斐监造下，中国造出了第一级铁胁木壳军舰“威远”号，1877年5月15日成功下水。之后还造有“超武”、“澄庆”、“横海”号军舰。为了改善船政水师的运输能力，当时船政大臣吴赞诚利用进口的立式蒸汽机建造了新式的运输船，即铁胁木壳运输船“康济”号。在巡洋舰方面，督办船政时期也有突破。1883年1月11日，建造经历了将近六年的“开济”号军舰成功下水。军舰的动力采用船政自行组装的一部三汽缸复合蒸汽机，配合八座圆形高压锅炉，功率2,400马力，是船政当时制造功率最大的蒸汽机。

1885至1889年是署理大臣时期：这一时期规模最大的军舰，同时也是中国船政史上军舰技术的最高峰──中国第一艘钢甲战舰“平远”（“龙威”）号。中法马江海战后，船政水师几乎全军覆没，因此当时任船政署理大臣的裴荫森决心制造钢甲舰。此前，中国军舰几乎全是木胁木壳舰和铁胁木壳舰，因此裴荫森上疏要求试制双机钢甲战舰，获得清廷批准。1886年起，船政学堂前学堂第一届制造专业毕业生魏瀚、郑清濂等人开始设计制造，参照法国同型舰“黄泉”号，以自己对舰船建造的理解，终于在1889年建成。在功率上远远超过了法国的“黄泉”号，舰上装备了多门大炮和两个鱼雷发舰管。“龙威”舰是中国第一艘钢甲战舰，标志着中国造船进入钢船时期。“龙威”号后被调往天津，更名为“平远”，被编入北洋海军，后参加甲午海战，在1904年沉毁。两广总督张之洞因广东海防缺乏大舰，愿意协拨经费由船政为其建造八艘军舰，其中有三艘就是穹甲巡洋舰，张之洞将之分别命名为“广乙”、“广丙”、“广丁”，三舰型号相同，故称为“广乙”级。1888年1月2日，“广乙”号鱼雷巡洋舰开始建造，由魏瀚、郑清濂等人监造，1890年11月30日竣工。

1890至1911年进入兼管、兼充大臣时期，由于两广总督废止了在船政协造军舰的计划，已经开工的造穹甲鱼雷巡洋舰“广丁”被船政接手继续建造，改名为“福靖”号。为了与“福靖”号配合，船政计划建造一艘快船“建靖”号。建造两年后，1895年“建靖”号下水，但此时正值甲午战后，北洋海军遭灭顶之灾正急需新建，因此“建靖”号在北洋向船政支付完建造费用后被领走。所有权归属北洋后，“建靖”号不仅被魏瀚部分改造，还被更名为“通济”号。1897年初，船政局聘请法国水师制造学堂帮办教习杜亚尔担任正监督，杜亚尔绘制了鱼雷快舰的图纸，经中方研究，认定其为新式舰船，决定开工建造两艘。第一艘“建安”号于1898年4月7日正式开工，1899年1月29日下水。第二艘“建威”号于1899年2月11日动工兴建，1900年3月3日下水。“建威”级的武器装备完全模仿法国“迪波威尔”，甚至连具体的型号都一样。这一时期的船政除了建造以上几艘大型舰船外，还建造了一些杂类船只。

第三阶段是民国后船政时代，这时期中国时局动荡，政府更迭频繁，船政也随之没落。1911年10月10日夜武昌起义爆发，全国各省陆续回应，一场旨在推翻清王朝的辛亥革命爆发。一年后，中华民国临时政府在南京成立，孙道仁被任命为福建都督，福建成为中华民国的行省之一。随着新政府的形成，船政作为福建管辖范围内的机构，也被改称为福州船政局，由福建都督府直接统辖。自此，船政的历史已经过去，进入后船政时代。此后船政局的发展也与清王朝时的船政存在巨大差别。