從1866年創設船政至今，已有一個半世紀，這段歷史不僅記錄了船政的發展，同時也見證了中國近代化、工業化的進程。這段漫長的船政歷史可以分為三個不同的發展階段：第一階段為草創先賢奠基東南的初創階段；第二階段是辛勤耕耘蓬勃發展階段；第三階段是民國後船政時代。

第一階段是草創先賢奠基東南的初創階段：左宗棠創設船政，選址福州馬尾，沈葆楨任船政大臣，以及中法合作的五年計劃期間的船政建設。五年大計是船政初創階段，一切都需要從零開始。艦船建造、船政水師制度需要確立、船政教育需要擴大規模，這些都被寫在1866年的船政章程總體規劃中。在這五年中，船政面臨了內憂外患的種種考驗，終於在1873年的夏天迎來了收穫的喜悅。中國船政完成在短時間內設廠、造船、教育的諸多創舉，可謂成績斐然。但在五年計劃進行如火如荼時，始終伴隨着曲折和憂患。正、副監督之爭的內部矛盾持續影響船政五年發展，法國兩位海軍軍官日意格和德克碑無法正常協作，而日軍侵台又增加了船政的外在不穩定因素。在1874年日本侵台事件結束後，清廷意識到中國海防將面對崛起中的日本這一新的重要威脅。總理衙門大臣奕訢、北洋大臣李鴻章、總理船政大臣沈葆楨、前江蘇巡撫丁日昌等都積極參與討論。幾乎一夜之間，中國海防目標作了重要調整，從之前製造近代化軍艦的低層次需求，升級到獲取能夠克制日本海軍的大威力艦船裝備。在往後的四十年間，船政為了這個目標辛勤耕耘、蓬勃發展。

第二階段是辛勤耕耘蓬勃發展階段：這一階段包括中法戰爭前後的督辦大臣、署理大臣、兼管、兼充大臣時期，在艦船建造、船政水師、船政教育等方面都有所發展。1875至1884年督辦大臣時期：五年計劃之後，按照每年兩艘軍艦的定額指標，造了二型四艘木脅木殼艦。鐵脅木殼艦雖然只與木脅木殼艦一字之差，但區別卻很大。鐵脅木殼艦的龍骨、橫樑、隔板都為金屬，而要將木皮釘入鐵骨，其中的鐵釘連接撚縫工藝便是最大的技術難點。然而在法員舒斐監造下，中國造出了第一級鐵脅木殼軍艦「威遠」號，1877年5月15日成功下水。之後還造有「超武」、「澄慶」、「橫海」號軍艦。為了改善船政水師的運輸能力，當時船政大臣吳贊誠利用進口的立式蒸汽機建造了新式的運輸船，即鐵脅木殼運輸船「康濟」號。在巡洋艦方面，督辦船政時期也有突破。1883年1月11日，建造經歷了將近六年的「開濟」號軍艦成功下水。軍艦的動力採用船政自行組裝的一部三汽缸複合蒸汽機，配合八座圓形高壓鍋爐，功率2,400馬力，是船政當時製造功率最大的蒸汽機。

1885至1889年是署理大臣時期：這一時期規模最大的軍艦，同時也是中國船政史上軍艦技術的最高峰──中國第一艘鋼甲戰艦「平遠」（「龍威」）號。中法馬江海戰後，船政水師幾乎全軍覆沒，因此當時任船政署理大臣的裴蔭森決心製造鋼甲艦。此前，中國軍艦幾乎全是木脅木殼艦和鐵脅木殼艦，因此裴蔭森上疏要求試製雙機鋼甲戰艦，獲得清廷批准。1886年起，船政學堂前學堂第一屆製造專業畢業生魏瀚、鄭清濂等人開始設計製造，參照法國同型艦「黃泉」號，以自己對艦船建造的理解，終於在1889年建成。在功率上遠遠超過了法國的「黃泉」號，艦上裝備了多門大炮和兩個魚雷發艦管。「龍威」艦是中國第一艘鋼甲戰艦，標誌着中國造船進入鋼船時期。「龍威」號後被調往天津，更名為「平遠」，被編入北洋海軍，後參加甲午海戰，在1904年沉毀。兩廣總督張之洞因廣東海防缺乏大艦，願意協撥經費由船政為其建造八艘軍艦，其中有三艘就是穹甲巡洋艦，張之洞將之分別命名為「廣乙」、「廣丙」、「廣丁」，三艦型號相同，故稱為「廣乙」級。1888年1月2日，「廣乙」號魚雷巡洋艦開始建造，由魏瀚、鄭清濂等人監造，1890年11月30日竣工。

1890至1911年進入兼管、兼充大臣時期，由於兩廣總督廢止了在船政協造軍艦的計劃，已經開工的造穹甲魚雷巡洋艦「廣丁」被船政接手繼續建造，改名為「福靖」號。為了與「福靖」號配合，船政計劃建造一艘快船「建靖」號。建造兩年後，1895年「建靖」號下水，但此時正值甲午戰後，北洋海軍遭滅頂之災正急需新建，因此「建靖」號在北洋向船政支付完建造費用後被領走。所有權歸屬北洋後，「建靖」號不僅被魏瀚部分改造，還被更名為「通濟」號。1897年初，船政局聘請法國水師製造學堂幫辦教習杜亞爾擔任正監督，杜亞爾繪製了魚雷快艦的圖紙，經中方研究，認定其為新式艦船，決定開工建造兩艘。第一艘「建安」號於1898年4月7日正式開工，1899年1月29日下水。第二艘「建威」號於1899年2月11日動工興建，1900年3月3日下水。「建威」級的武器裝備完全模仿法國「迪波威爾」，甚至連具體的型號都一樣。這一時期的船政除了建造以上幾艘大型艦船外，還建造了一些雜類船隻。

第三階段是民國後船政時代，這時期中國時局動盪，政府更迭頻繁，船政也隨之沒落。1911年10月10日夜武昌起義爆發，全國各省陸續回應，一場旨在推翻清王朝的辛亥革命爆發。一年後，中華民國臨時政府在南京成立，孫道仁被任命為福建都督，福建成為中華民國的行省之一。隨着新政府的形成，船政作為福建管轄範圍內的機構，也被改稱為福州船政局，由福建都督府直接統轄。自此，船政的歷史已經過去，進入後船政時代。此後船政局的發展也與清王朝時的船政存在巨大差別。